Ura, v kateri so v časovnih razmakih določi glede na frekvence motenj ali absorbirajo z vrtenjem molekul. Prvo uro te vrste je bil amonijaka uro, z uporabo molekul plinastih amonijaka zagotoviti osnovne pogostost. Radijskih valov, ki nastajajo v priloženih vezja so bile krmljene v plin in pogostost tokokroga prilagoditi dokler plinomeri pokazala maximal absorbiralo valovi plin; to je želeno frekvenco resonance. Bolj nedavno razviti ura uporabe metan kot plin, ampak osnovna načela so enake. Molekularne ure so pogosto navedeno kot atomske ure, vendar ta navada je napačna. Jih imenujemo tudi masers če je njihov glavni izhodno frekvenco, ne čas.