Zaporedje amino kisline, ki je bil zgrajen v beljakovine, da olajšajo njeno čiščenje. Ti lahko dela na več načinov. Oznako lahko druge beljakovine, ki se veže na drug material, ki zelo tesno in tako omogoča beljakovine se prečisti z Afinitetna kromatografija (q.v.). Oznako lahko kratek aminokislinsko zaporedje, ki je prepoznal protiteles. Protitelesa bi nato vežite beljakovin, ker je tako prej ne bi storil. , Eden od teh kratkega peptida, imenovano zastavo, je zasnovan tako, da je še posebej enostavno narediti protitelesa proti njej. Oznako lahko nekaj aminokislin, ki se nato uporabljajo kot kemijska oznaka na beljakovine. Primer niz pozitivno nabitih aminokislin bo zelo močno veže na negativno nabiti filter: se lahko uporabijo kot podlaga za sistem za ločevanje. Nekaterih aminokislin vežejo kovine zelo močno, še posebej v parih: te kemične lastnosti je mogoče izkoristiti s filtrom s kovinskih atomov, kemično povezan na to pull beljakovin iz mešanice beljakovin.